Memahami Teknik Isolasi atau Penamaan Bakteri Dengan Tepat

Meskipun persyaratan nutrien mikroorganisme amat beragam, namun sebagai makhluk hidup mereka mempunyai kebutuhan dasar yang sama, yaitu meliputi air, karbon, energi, mineral dan faktor tumbuh.

Bagi organisme bersel tunggal, air amat penting artinya karena antara lain merupakan komponen utama protoplasma (70-85% protoplasma terdiri dari air) serta wahana bgi masuknya nutrien kedalam sel dan keluarnya sekresi maupun ekskresi dari dalam sel. Di samping itu air juga diperlukan untuk berlangsungnya reaksi-reaksi  enzimatik di dalam sel. Di dalam pembuatan medium sebaiknya digunakan air suling. Air sadah pada umumnya mengandung kadar ion kalsium dan magnesium dan tinggi. Pada medium yang mengandung pepton dan ekstrak daging, air dengan kualitas semacam ini dapat menyebabkan terbentuknya endapan fosfat dan magnesium fosfat.

Berdasarkan pada sumber karbon yang digunakan, organisme di bagi menjadi dua kelompok. Organisme yang dapat mensintesis semua komponen selnya dari karbon diokside di sebut autrotof. Sedangkan organisme yang memerlukan satu atau lebih senyawa organik sebagai sumber karbonnya disebut heterotrof. Namun disamping sumber karbon organik, heterotrof memerlukan karbon dioksida organismenya. Ada yang hanya memerlukan satu macam senyawa sederhana seperti asam asetat, ada pula yang memerlukan sepuluh   macam atau lebih senyawa organik dari yang sederhana sampai kepada yang kompleks.

Autotrof dan heterotrof dikelompokkan lebih jauh berdasarkan pada sumber energinya. Autotrof yang dapat memanfaatkan energi cahaya matahari dengan bantuan pigmen fotosintetiknya disebut foto autotrof (autotrof fotosintetik), sedangkan yang memperoleh energi dari oksidasi senyawa-senyawa organik sederhana (seperti: nitrit, nitrat, atau sulfide) disebut kemoautotrof (autotrof kemosintetik). Sebagian besar bakteri termasuk kemoheterotrof (heterotrof kemmosintetik) yaitu memerlukan sumber energi organik seperti glukosa atau asam-asam amino. Bagi kedua tipe kemosintetik tersebut diatas, jumlah komponen penghasil energi dalam medium biasanya sekitar 0,5%. Hanya sedikit saja bakteri yang tergolong pada kelompok (foto heterotrof). Organisme dari kelompok ini mempunyai pigmen fotosnitetik sehingga dapat memanfaatkan energi cahaya matahari namun memerlukan sumber karbon organik seperti alkohol.

Sumber nitrogen bagi organisme auotrofik ialah senyawa organik, sedangkan bagi heterotrof dapat berupa asam amino atau senyawa-senyawa protein intermediat seperti peptida, proteose, pepton. Misalnya pada kaldu nutrien (nutrient broth) yang banyak digunakan untuk menumbuhkan heterotrof. Nitrogen diperoleh dari ekstrak daging dan pepton.

Semua organisme boleh dikatakan memerlukan beberapa unsur logam seperti natrium, kalium, kalsium, magnesium, mangan, besi, seng, tembaga, fosfor dan kobalt untuk pertumbuhannya yang normal. Demikian pula bakteri. Jumlah yang diperlukan ama sedikit.

Yang dimaksud dengan faktor tumbuh ialah komponen seluruh esensial yang tidak dapat disintesis sendiri oleh suatu organisme dari sumber dasar karbon dan nitrogennya. Komponen sel yang dimaksud dapat berupa asam-asam amino atau vitamin. Bagi banyak heterotrof, kebutuhannya akan faktor tumbuh sudah dapat dipenuhi oleh ekstrak daging atau kaldu nutrien. Namun bagi patogen-patogen yang rewel (fastidious), diperlukan medium yang lebih rumit seprti agar darah untuk penyediaan faktor tumbuh yang diperlukan.

Keasamaan (pH) juga amat penting sebagai pertumbuhan organisme; terutama kerja enzim amat dipengaruhi oleh pH. Sebagian besar bakteri tumbuh paling baik skitar  pH 7. Karena itu kaldu nutrien yaitu medium yang seringkali digunakan untuk menumbuhkan berbagai macam bakteri, harus disesuaikan pH nya menjadi 6,8. Di pihak lain, patogen biasanya menghendaki pH yang lebih alkalin. Karena itu trypticase soy broth, yang seringkali digunakan untuk menumbuhkan organisme yang lebih rewel harus disesuaikan pH nya menjadi 7,3.

Berdasarkan komposisi kimianya, dikenal medium sintetik dan medium non-sintetik atau kompleks. Koposisi kimiawi medium sintetik diketahui dengan pasti dan biasanya dibuat dari bahan-bahan kimia yang kemurnianya tinggi dan ditentukan dengan tepat. Maka medium semacam ini dapat diulangi pembuatannya kapan saja dan akan diperoleh hasil yang sama. Dipihak lain, komposisi kimiawi medium non-sintetik idak diketahui dengan pasti. Conohnya ialah bahan-bahan yang terdapat dalam kaldu nutrien, yaitu ekstrak daging dan pepton, mempunyai komposisi kimiawi yang tidak pasti.